L'origine du Pro Bowl remonte à janvier 1939 quand la NFL créa un match entre le nouveau vainqueur du championnat et une sélection des meilleurs joueurs des autres équipes. L'initiative fut renouvelée jusqu'en 1942 sous le nom de NFL All-Star Game puis abandonnée.
En janvier 1951, la NFL ressuscita la rencontre sous une forme légèrement différente et très proche de la formule actuelle : elle opposa jusqu'en 1953 les meilleurs joueurs de la Conférence Américaine à ceux de la Conférence Nationale, toutes franchises (clubs) confondues.
De 1954 à 1970 le match opposa les meilleurs joueurs de la Conférence Est à ceux de la Conférence Ouest.
Après 1970, la rencontre prit le nom de AFC-NFC Pro Bowl et opposa les sélections des nouvelles Conférence Américaine (American Football Conference, AFC) et Conférence Nationale (National Football Conference, NFC), emmenées par les headcoaches (entraîneurs en chef) des équipes défaites en finale de conférence (c'est-à-dire le finaliste malheureux de l'AFC et celui de la NFC).
Depuis 1995 les supporters participent pour un tiers au choix des participants au Pro Bowl, les deux autres tiers restant du ressort des joueurs et des entraîneurs